Microsoft word - sminetlabexportv2.8.docx

lagstadgade och frivilliga anmälningar av Avdelningen för epidemiologi
Smittskyddsinstitutet (SMI), Solna
Versionslogg
Version: Logg:
Första skarpa versionen. Total omarbetning av specifikationen för exportfilens utformning (XML-Schemat). Utförligare beskrivning av hur exportfilen skall överlämnas. Ny specifikation över kvittensen från webbtjänsten. Omarbetning av dispositionen. Alla bilagor omarbetade. Omarbetade riktlinjer för hur exportfilen skall namnges. • Mindre ändringar i dokumentationen i xml-exemplet. • Lagt till ’T_S-grupp (istället för species om ej typning sker)’ som specification för labdiagnosen ’Salmonella enterica’. • I specification var ’Eythromycin SIR’. Denna är omstavad till ’Erythromycin SIR’, men både gamla och nya koden för ’Eythromycin SIR’ finns och är giltiga. • <referringDoctor> har gjorts till valfri uppgift så denna inte alltid finns på • Makulering har lagts till som <status>. • Alla ”R_” specification kan även anges som ”+” eller ”-”. • Ett antal nya salmoneller och mycobacterium finns under tillåtna värden på • Provmateriallistan har utökats med ’Rectumprov’, ’Urethraprov’ och • ”R_Beta” anmäls även för ”Haemophilus influenzae (invasivt isolat)”. • För ”Treponema pallidum” kan Wassermann, VDRL, TPPA, Syfilis- ELISA-IgM och Syfilis-ELISA-IgG anges logiskt eller numeriskt. • URL:en till webbtjänsten är ändrad. • Diverse mindre korrektioner. • ’diagnoseInText’ kan vara 255 tecken lång. • Status utökat med ’Komplettering’. • Koden för cervixprov ändrad från ’crev’ till ’cerv’. • Ändrat format för rikskod. • ’referringClinicCounty’ obligatoriskt. • Adderat genotyp till labdiagnosen Neisseria gonorrhoeae. • Ändrat labdiagnoserna ”Listeria monocytogenes” och ”Salmonella enterica” till ”Listeria species” och ”Salmonella species”. • Lagt till ”sentForReferenceBy” som tag i xml-schemat. • Tagit bort kodverket i detta dokument för att endast använda separat kodverk. Den senaste versionen av denna finns på: http://sminet.smittskyddsinstitutet.se/LabExporter • SmiNet-koderna för Salmonella Species och Listeria Species är ändrade till • Genotyp tillagt på Neisseria meningitidis (invasivt isolat). • Tag:en ’takebackNotification’ tillagd i XML-schemat. • Ny tag tilllagd ”optionalReference”.
Version: Logg:
• XML-Schema skapat för returkvittot. • Varje anmälan har en egen returkod associerad. Lagt till tag ’optionalReference’ för ’takebackNotification’. Alla förändringar efter version 1.8 är rödmarkerade. Ändrat kontaktinformationen. Uppdaterat url:arna i avsnittet Web Service. Tagit bort rödmarkeringarna. Tagit bort exemplet på rikskod. Ändring av SmiNet:s mailadress. Xml-scheman utbytta mot länkar till dessa för att undvika felaktigheter. Exempelfilen och kvittot borttagen för att undvika felaktigheter. Innehållsförteckning
Versionslogg . 2
Inledning . 5
Hur skall specifikationen läsas? . 5 Vad är XML-Schema? . 5 Vilka patogener skall anmälas? . 5 Mer information . 5 Kontakt . 5 Web Service . 5 Filnamn . 6 Gränssnitt . 6 SmiNetMonitor . 6 Inledning Följande dokument definierar ett protokoll mellan laboratorier och Smittskyddsinstitutet (SMI) för att hantera stora mängder anmälningar av laboratoriediagnoser. Specifikationen omfattar hur filen som exporterar information från laboratoriets datasystem skall utformas samt hur filen skall överlämnas till SMI. Specifikationen förklarar även var laboratoriets ansvar för en anmälan slutar. Hur skall specifikationen läsas?
Förutom de inledande delarna av specifikationen som beskriver hur anmälan skall överlämnas från
laboratoriet till SMI, finns även ett XML-schema och en exempelfil. Dessa definierar och ger exempel
på hur exportfilen skall vara utformad. XML-schemat används för att validera en korrekt utformad
xml-fil. Denna validering kommer att utföras på alla skickade filer från laboratoriet direkt då filen
ankommer till SMI. För bättre felhantering rekommenderas att validering av filen även sker hos
laboratoriet innan den skickas till SMI.
Vad är XML-Schema?
XML-Schema är en standard, reglerad av World Wide Web Consortium (W3C), för att validera xml-
kod. En introduktion (tutorial) för att lära sig grunderna i XML-Schema finns tillgänglig via
http://www.w3schools.com/schema/default.asp
Vilka patogener skall anmälas?
Vilka patogener som skall anmälas från ett laboratorium regleras av smittskyddslagen och smitt-
skyddsförordningen. En konsekvens av att fler smittämnen nu blir anmäningspliktiga är att listan över
smittämnen i den s.k. ”frivilliga laboratorierapporten kommer att minska. Endast tre smittämnen
(influensavirus, RSV och calicivirus) återstår och dessa diagnoser kan nu hanteras direkt av SmiNet på
samma sätt som de anmälningspliktiga. De sexuellt överförbara smittämnena (Chlamydia trachomatis,
Neisseria gonorrhoeae, HIV och Treponema pallidum) kommer fr.o.m. 1 juli att vara
anmälningspliktiga även från laboratorierna, men anmälan ska ske avidentifierat med rikskod. Även de
frivilligrapporterade smittämnena anmäls med rikskod.
Mer information
På http://sminet.smi.se/LabExporter finns all tillgänglig information inkl. den senaste versionen
av detta dokument för att ladda ner. Där finns även den senaste versionen av bifogat XML-Schema
som användas för att validera att exportfilen följer specifikationen.
Kontakt
Skulle det finnas frågor eller synpunkter går det utmärkt att höra av sig till:
SmiNet Jourtelefon 070-522 95 22, bemannad vardagar kl. 9-16 Hur skall exportfilen överlämnas? Överlämningen av den genererade exportfilen sker via en webbtjänst (web service). Vid över-lämnandet returneras ett kvitto i form av en xml-fil (se nedan). Kvittensen innehåller två typer av returkoder: översiktliga och specifika. Den översiktliga felkoden beskriver status för hela filen. Returkod: '-1': det finns anmälningar i filen som måste skickas igen. '0': alla anmälningar i filen skickades utan problem. '1': alla anmälningar i filen skickades, men anmärkningar finns. Den specifika felkoden beskriver status för en enskilld anmälan. Returkod: '-1': Anmälan måste skickas igen. '0': Anmälan är gjord utan anmärkningar. '1': Anmälan är gjort, men det finns anmärkningar. Web Service
Webbtjänsten finns på url: https://www.sminet.se/sminetlabxmlzone/services/SmiNetLabXmlZone
Ett program som skall använda webbtjänsten använder protokollet SOAP för att koppla upp sig. Gränssnittet definieras av en wsdl-fil, som finns tillgänglig via följande url: https://www.sminet.se/sminetlabxmlzone/services/SmiNetLabXmlZone?wsdl Filnamn
Den exportade filen skall namnges enligt följande format:
’[LabNumber]_[datum och tid].xml’, där datum och tid anges som ’ÅÅ-MM-DD_TTMMSS’. Nedan följer
några exempel på godtagbara filnamn:
’1_04-01-23_125323.xml’
’23_03-12-31_235959.xml’
’5_99-09-01_000145.xml’
’10_04-03-29_133600.xml’
Gränssnitt
Webbtjänsten tillhandahåller ett metodanrop för att överlämna filer. Metoden heter
’submitFile’ och tar två argument, dels en sträng som innehåller namnet på filen som skickas
och dels en byte array (big endian) med en representation av filen.
SmiNetMonitor
SMI tillhandahåller en programpaket med öppen källkod (GPL) för att kommunicera med
webbtjänsten. Detta enkla program tillhandahålls på allmän begäran, men vi rekommenderar
ändå att göra en direkt uppkoppling från labdatasystemet till webbtjänsten. Observera att SMI
inte har något som helst ansvar för koden och ansvarar heller inte för eventuell anpassning till
ett individuellt laboratorium.
SmiNetMonitor lyssnar på en specificerad filarea efter nyskapade xml-filer. Då en sådan
hittas skickas denna in till webbtjänsten och väntar på att få tillbaka returkvittensen. Denna
sparas i en fil i ett subbibliotek till det bibliotek som avlyssnas.
Ansvar SMI:s ansvar för en anmälan börjar där laboratoriets ansvar slutar, i och med att laboratoriet fått ett kvitto tillbaka som visar att mottagandet av anmälan är fullbordat. Kvittens
Kvittensen från webbtjänsten följer följande format:
<?xml version='1.0' encoding='iso-8859-1'?>
<smiNetReceipt
xmlns:xsi='http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance'
xsi:noNamespaceSchemaLocation=
'http://www.sminet.se/xml-schemas/SmiNetLabExportReceipt.xsd'>
<returnCode>[Felkod]</returnCode>
<message>[Besrivning]</message>
<timestamp>[Tidsstämpel]</timestamp>
<returnCode>[Felkod]</returnCode>
<message>[Ev. meddelande]</message>
<description>[Besrivning]</description>
<smiNetReference>[SmiNet referensnummer]</smiNetReference>
<localReference>[Ev. Local referens]</localReference>
XML-Schema Xml-chemat för testmiljön: http://stage.sminet.se/xml-schemas/SmiNetLabExport.xsd Xml-chemat för skarpa miljön: http://www.sminet.se/xml-schemas/SmiNetLabExport.xsd

Source: http://sminet.smi.se/LabExporter/SmiNetLabExportv2.8.pdf